El programa de agronomía y suelos tiene como misión realizar investigación para la búsqueda de opciones tecnológicas, amigables con el ambiente y la biodiversidad, que hagan más eficiente la producción de cultivos para el consumo nacional (seguridad alimentaria) y de exportación.
La investigación llevada a cabo en este programa involucra temas relacionados con la seguridad alimentaria, diversificación agrícola, cultivos para biocombustibles, optimización de sistemas de cultivo, agricultura orgánica, tecnología agrícola, agricultura de precisión, uso y manejo del suelo, restauración y enmienda de suelos, dinámica de nutrientes en el suelo, calidad del suelo, fertirriego, fertilidad de suelos y nutrición vegetal, parámetros y procesos biológicos en el suelo, análisis foliar, incorporación y disipación de residuos, compostaje, uso del compost, mineralización de Nutrientes y uso eficiente de nutrientes.